Varias cosas:
Olvidaros de C: y D:, pensad en primera partición del disco primero, segunda partición del disco primero, etc. que en los Unix* las cosas no funcionan así.
Molinux, como casi todas estas distros regionales, estará basada en Debian o en Ubuntu, que está basada a su vez en Debian por lo que a efectos de casi todo, es Debian.
Molinux, Ubuntu, etc. están muy bien para un principiante porque la configuración de GNU/Linux es muy amplia, puedes hacer sistemas muy distintos y configurarlos de muchas formas, y dejan un sistema de escritorio más o menos aceptable sin tener que configurar nada. El problema (sobretodo de Molinux, Guadalinex...) es que no tienen tantos paquetes como tiene Debian, y no se actualizan constantemente, sino que liberan una versión cada X tiempo (6 meses, 1 año...).
Me explico. Debian tiene una versión estable, una testing (de pruebas) y una unstable (inestable), aunque ahora también existe experimental (versiones demasiado recientes, betas, etc.) pero no es un sistema completo realmente.
Los programas en GNU/Linux no se instalan como en Windows. Comparten librerías, que van en paquetes aparte. Tu le dices directamente "instala openoffice" y él coge "openoffice" y todos los paquetes de los que depende y los instala. Éstos paquetes estan en unos lugares llamados "repositorios", y se administran con un "gestor de paquetes", que se encarga él solito de arreglar esas "dependencias". Gracias a estos "gestores de paquetes" podemos instalar un programa con un solo comando (se descarga y se instala solo) e incluso actualizar todo el sistema (he dicho todo) también con un solo comando.
Si usas Guadalinex o Molinux y trae KDE 3.4.1, ahora sacan el 3.4.2 que básicamente tiene bugfixes y pequeñas mejoras (pero que se notan) y usando Guadalinex o Molinux tendrías que instalar KDE 3.4.2 compilándolo, esperando a otra versión, usando unos repositorios no oficiales, etc.
Por ejemplo, en Debian testing (que no te engañe su nombre, es bastante estable) tenemos varios paquetes actualizados al día. Esto es algo bueno, ya que antes esos paquetes han pasado por unstable y a veces incluso por experimental, así que ya han sido bastante probados y es raro que den problemas.
Si te apura una versión concreta que no sale de unstable, puedes instalarla igualmente sin correr ningún riesgo (siempre puedes forzar a que se reinstale una versión anterior mientras esta siga en un repositorio o en la caché de tu disco duro).
Pues eso.... Molinux, Guadalinex, Linex... -> actualizaciones cada la leche de tiempo, pocos paquetes.... Debian -> actualizaciones diarias, la leche de paquetes, y puedes elegir si quieres ir más seguro o instalar las últimas versiones.
Bien, una vez aclarado esto que no venía a cuento... las distribuciones basadas en Debian usan el instalador de Debian.
El instalador de Debian tiene una herramienta de particionado muy parecida a la que tiene el Windows XP. Con esa herramienta puedes borrar particiones y crear nuevas. Si te cargas la partición 1 del disco 1 y los datos están en la partición 2 del disco 1, conservas perfectamente los datos de la partición que no te cargaste (y al revés lo mismo). Vamos, que si quieres borrar la de datos, la borras, si quieres crear la de Windows, la borras. No va a hacerte nada él sin decírtelo. También puedes borrar la del disco 2 e instalarlo ahí...
Recuerda que para que funcione bien, debes crear con el particionador una partición en / de tipo ext3 y una de intercambio que generalmente debe ser el doble de la memoria ram, pero que si no vas a suspender en disco (hibernar que le llaman) y tienes más de 512MB de RAM puedes ponerla más bien enana (100MB o así).
Una vez termine la copia base de archivos te instalará GRUB. Es el gestor de arranque, que sí, se instalará en el MBR del disco duro. Si por algún motivo ya no lo quieres, o bien reinstalando Windows te lo "restaura" (más bien te lo machaca sin preguntar) o bien iniciando con la consola de recuperación del CD de XP con el comando FIXMBR.
GRUB depende de unos archivos localizados en /boot en la partición de GNU/Linux. Si alguna vez te cargas la partición, ya no podrás arrancar (al menos no sin restaurar el MBR).
Aquí tienes una guía sobre la instalación de Ubuntu. No debería diferir mucho de la de Molinux:
http://www.ubuntu-es.org/node/48